Trong tổng diện tích gần 5000m²  khu nhà bảo tàng gồm những công trình phụ trợ như nhà điều hành, sân cỏ, cây xanh, nhà vệ sinh, hệ thống điện chiếu sáng, hệ thống điện chống trộm ...Riêng nhà Bảo tàng kiến trúc vững chãi có tường ghép đá granic màu nâu sẩm, xây ghép nối tạo những khe trống, thông thoáng.  Mái lợp tole có phân bố những ô trống lợp kính để lấy ánh sáng trời do vậy hiện vật trưng bày bên trong có sắc độ ánh sáng phù hợp giúp cho người xem cảm nhận chất liệu, màu sắc thực trạng hiện vật. Bên trong nhà bảo tàng có ba phòng: một phòng trưng bày cố định, hai phòng trưng bày chuyên đề.  Phòng trưng bày cố định hoàn thành trưng bày đầu năm 2005, tại đây có 24 pa-nô, sơ đồ, mô hình,và một số hiện vật gốc bằng đá sa thạch, nội dung trên pa-nô chuyển tải một lượng thông tin khá lớn bao gồm lời giới thiệu, các di tích cổ ở Đông Nam Á và Champa, hải thương giữa Champa và Đông Nam Á. . . Sa bàn tổng thể khu di tích Mỹ Sơn, mô hình phục chế đền Januk bằng gỗ giúp cho khách tham quan có thể hình dung không gian tế tự ngày xưa. Hiện vật gốc trưng bày số lượng không lớn nhưng là những hiện vật quan trọng như đài thờ linga-yoni f1, bò thần Nanđin, đặc biệt có hiện vật quí hiếm Mukhalinga được công nhận bảo vật quốc gia năm 2014 cùng một số hiện vật thuộc thành phần kiến trúc như chóp tháp, trụ cửa thuộc các niên đại và phong cách khau.

        Phòng chuyên đề thứ nhất gần trăm hiện vật và 22 pa-nô, một số pa-nô ghi lại quá trình đội ngũ chuyên gia Ý và công Việt Nam làm việc, hình ảnh các tầng văn hóa tại các hố đào thật sinh động, những so sánh bài trí con vật thờ, những lí giải khoa học . . . Hiện vật gốc trong phòng nầy chủ yếu là những hiện vật có chất liệu bằng đất nung như đầu bò thần Nan Đin, Hamsa, chim thần Gruda, chóp tháp, những tai lửa trang trí vòm cuốn, góc tháp có một số tai lửa phần chôn tường có khắc chữ Phạn và thật lí thú vài tai lửa có khắc chữ trần ( sự xuất hiện chữ trần ở di tích Chăm là sự phát hiện mới, nhiều giả thuyết khác nhau xung quanh vấn đề nầy ). Cách thức kết hợp giữa pa-nô với hiện vật giúp cho du khách dễ hình dung quá khứ hiện vật được đặt đính ở vị trí nào trên một di tích, hiện vật bị vùi lấp trong những hố khai quật. Đây là cách trưng bày khoa học dẫn dắt người xem tự khám phá, tự tìm hiểu. Phòng trưng bày này là một trong những thành quả mười năm trực tiếp cần mẫn làm việc của đội ngũ chuyên gia Italia và cán bộ kỹ thuật, công nhân Việt Nam, bên cạnh có sự phối hợp chặt chẽ của tổ chức UNESCO.

        Phòng trưng bày chuyên đề thứ hai chủ đề " Di sản chung của chúng ta" Cam pu chia- Lào - Việt Nam không trưng bày hiện vật gốc cũng như mô hình mà bao gồm 26 pa-nô có hình ảnh đặc trưng riêng cũng như những nét tương đồng văn hóa giữa các di sản của ba quốc gia cùng khu vực với các chủ đề " Thương mại và trao đổi "; " Tự nhiên và huyền thoại ", núi thiêng, sông thiêng, lễ hội. . . . Hầu hết những pa-nô có hình ảnh, màu sắc, thiết kế đẹp, nội dung nghiên cứu chuyên sâu. Là kết quả nhiều công trình nghiên cứu của các nhóm chuyên gia đầu nghành giữa ba nước Cam pu chia-Lào-Việt Nam phối hợp thực hiện năm 2012.

        Mục tiêu chính của bảo tàng Mỹ Sơn là cung cấp kiến thức cơ bản, giới thiệu tổng quan về nền văn minh và kiến trúc Chăm-pa cho du khách, nhằm nâng cao nhận thức và hiểu biết của khách tham quan, nghiên cứu, đồng thời cũng là điểm đến hữu ích cho sinh viên, học sinh thực tập, nơi tổ chức các cuộc thi vẽ tranh, những hoạt động khám phá của tuổi thơ dưới sự hướng dẫn của anh chị phụ trách. Nếu ai đó đã từng đến Mỹ Sơn mà chưa vào bảo tàng là sự trải nghiệm một chuyến đi chưa trọn vẹn, cùng với những bảng trực quan bổ sung, tập gấp giới thiệu, bài viết nầy cũng không ngoài mục đích giới thiệu có môt bảo tàng nơi cửa ngõ vào khu di sản, "Bảo tàng Mỹ Sơn- Một điểm không thể bỏ qua trong hành trình khám phá Di sản văn hóa thế giới Mỹ Sơn".

Lê Văn Minh( Ban Quản lý Di tích và Du lịch Mỹ Sơn)